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中國(guó)科學(xué)院沈陽(yáng)應(yīng)用生態(tài)研究所的前身是中國(guó)科學(xué)院林業(yè)土壤研究所，成立于1954年,，由東北林業(yè)研究所籌備處,、東北土壤研究所籌備處、中國(guó)科學(xué)院長(zhǎng)春綜合研究所農(nóng)產(chǎn)化學(xué)研究室土壤微生物部分合并組成,，是以林業(yè),、土壤、植物,、微生物與環(huán)境科學(xué)為基礎(chǔ)的生物學(xué),、地學(xué)研究所；1987年更改為現(xiàn)名,。半個(gè)世紀(jì)來(lái),，本所積極投身于國(guó)民經(jīng)濟(jì)建設(shè)主戰(zhàn)場(chǎng)，為國(guó)家林業(yè)和農(nóng)業(yè)發(fā)展,、生態(tài)環(huán)境保護(hù)和經(jīng)濟(jì)建設(shè)做出了重大貢獻(xiàn),，共獲得科技成果518項(xiàng)，其中：國(guó)家級(jí)科技獎(jiǎng)30項(xiàng),，省,、部級(jí)科技獎(jiǎng)186項(xiàng)，出版專著297部,，發(fā)表論文8100余篇,，其中SCI收錄論文1157篇，授權(quán)專利272項(xiàng),。
2001年,，本所被中國(guó)科學(xué)院批準(zhǔn)為國(guó)家知識(shí)創(chuàng)新工程試點(diǎn)單位，進(jìn)一步凝煉了學(xué)科發(fā)展方向：圍繞國(guó)家農(nóng)業(yè)、林業(yè)可持續(xù)發(fā)展及生態(tài)環(huán)境建設(shè)中急需解決的重大問(wèn)題和應(yīng)用生態(tài)學(xué)的發(fā)展需要,，在森林生態(tài)與林業(yè)生態(tài)工程,、土壤生態(tài)與農(nóng)業(yè)生態(tài)工程、污染生態(tài)與環(huán)境生態(tài)工程領(lǐng)域開(kāi)展應(yīng)用基礎(chǔ)性研究工作,，豐富和發(fā)展森林生態(tài)學(xué),、農(nóng)田生態(tài)學(xué)和污染生態(tài)學(xué)的基礎(chǔ)理論，為我國(guó)主要退化生態(tài)系統(tǒng)恢復(fù)與重建,，改善生態(tài)環(huán)境,，保障食物安全提供科學(xué)依據(jù)與關(guān)鍵技術(shù)。本所二十一世紀(jì)的發(fā)展目標(biāo)是：建設(shè)成為國(guó)家應(yīng)用生態(tài)學(xué)研究基地和高級(jí)人才培養(yǎng)基地,，成為國(guó)際上有重要影響的應(yīng)用生態(tài)學(xué)研究中心,。
本所設(shè)有森林生態(tài)與林業(yè)生態(tài)工程、土壤生態(tài)與農(nóng)業(yè)生態(tài)工程,、污染生態(tài)與環(huán)境工程三個(gè)研究單元,；是國(guó)家森林與土壤生態(tài)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、國(guó)家土肥資源高效利用工程實(shí)驗(yàn)室,、中國(guó)科學(xué)院陸地生態(tài)過(guò)程重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,、中國(guó)科學(xué)院污染生態(tài)與環(huán)境工程重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、遼寧省陸地生態(tài)過(guò)程與區(qū)域生態(tài)安全重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,、遼寧省生態(tài)公益林重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,、遼寧省植物資源與利用重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、遼寧省土壤環(huán)境質(zhì)量與農(nóng)產(chǎn)品安全重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,、遼寧省肥料工程技術(shù)中心等的依托單位,；在不同地帶、不同類型地區(qū)設(shè)有七個(gè)研究基地,，其中長(zhǎng)白山森林生態(tài)系統(tǒng)定位研究站,、沈陽(yáng)農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)實(shí)驗(yàn)站、會(huì)同森林生態(tài)系統(tǒng)研究站為國(guó)家級(jí)野外觀測(cè)研究站,、烏蘭敖都荒漠化試驗(yàn)站為國(guó)家林業(yè)局荒漠化防治監(jiān)測(cè)站,、清原森林生態(tài)試驗(yàn)站、大青溝生態(tài)研究站,、沈陽(yáng)樹(shù)木園為所級(jí)野外研究平臺(tái)；此外,，還擁有東北地區(qū)最大的生物標(biāo)本館,。
為進(jìn)一步提升整體研究水平和國(guó)內(nèi)外影響力，研究所于2005年開(kāi)始在沈陽(yáng)市沈北新區(qū)建設(shè)占地346畝的新園區(qū),，現(xiàn)已建成14500平方米的實(shí)驗(yàn)大樓和4000平方米研究生公寓,，并投入使用。
本所現(xiàn)有職工322人，其中,，中國(guó)工程院院士1人,、研究員48人、副研究員與高級(jí)工程師65人,、中初級(jí)專業(yè)技術(shù)人員186人,；本所設(shè)有生態(tài)學(xué)、微生物學(xué),、土壤學(xué),、植物學(xué)、森林培育,、環(huán)境科學(xué)碩士學(xué)位授予點(diǎn),，生態(tài)學(xué)、土壤學(xué),、微生物學(xué),、環(huán)境科學(xué)博士學(xué)位授予點(diǎn)，并設(shè)有生態(tài)學(xué),、微生物學(xué),、土壤學(xué)博士后流動(dòng)站，目前在學(xué)研究生311人,，其中：博士研究生137人,、碩士研究生174人、在站博士后27人,。
本所與美國(guó),、英國(guó)、德國(guó),、比利時(shí),、俄羅斯、瑞士,、日本等40多個(gè)國(guó)家的近百個(gè)科研機(jī)構(gòu)開(kāi)展卓有成效的合作研究與學(xué)術(shù)交流,，與國(guó)內(nèi)知名高校和相關(guān)企業(yè)建立了產(chǎn)學(xué)研聯(lián)盟。
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