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中國科學院亞熱帶農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所的前身是中國科學院桃源農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化研究所,，1978年6月在湖南省桃源縣成立，1979年遷至長沙市并更名為中國科學院長沙農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化研究所,，2002年5月進入中國科學院知識創(chuàng)新工程試點序列,，2003年10月更為現(xiàn)名。現(xiàn)有職工218人,，其中崗位聘用150名,。研究員31名、副研究員45名,。擁有生態(tài)學博士,、碩士學位授予點和動物營養(yǎng)與飼料科學碩士學位授予點。已畢業(yè)研究生243名（含聯(lián)合培養(yǎng)研究生）,，在讀研究生187名,，其中博士63名（聯(lián)合培養(yǎng)8名），碩士124名(聯(lián)合培養(yǎng)49名),。
2002年5月,，亞熱帶生態(tài)所整體進入中國科學院知識創(chuàng)新工程試點序列，是中國科學院部署在我國亞熱帶區(qū)域的農(nóng)業(yè)生態(tài)研究基地與平臺,。研究所學科方向為亞熱帶復合農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)生態(tài)學,，重點開展農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)格局與過程調(diào)控、畜禽健康養(yǎng)殖與農(nóng)牧系統(tǒng)調(diào)控技術和作物耐逆境分子生態(tài)學機理及其品種選育等三個方面的研究,。目前設有區(qū)域農(nóng)業(yè)生態(tài)研究中心,、畜禽健康養(yǎng)殖研究中心、作物耐逆境分子生態(tài)研究中心和亞熱帶農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)過程重點實驗室等4個研究單元,，分別在代表亞熱帶類型區(qū)的紅壤丘陵區(qū),、喀斯特山區(qū)和平原湖區(qū)設立了桃源農(nóng)業(yè)生態(tài)試驗站、環(huán)江喀斯特農(nóng)業(yè)生態(tài)試驗站和洞庭湖濕地生態(tài)試驗站,，其中桃源站和環(huán)江站為國家重點站和中國科學院CERN基本站,。
進入中國科學院知識創(chuàng)新體系后，經(jīng)過幾年的努力,，亞熱帶所科技競爭力大大增強,，科技創(chuàng)新能力得到明顯提升,，發(fā)展速度較快,。爭取項目的能力和層次均有大幅度提升，科技產(chǎn)出質量也有了很大的提高，先后取得了一批有重要影響力的科技創(chuàng)新成果,。隨著知識創(chuàng)新工程的不斷推進,，亞熱帶所的國際影響逐漸擴大。先后與聯(lián)合國糧農(nóng)組織,、英國洛桑試驗站,、日本國立環(huán)境研究所、加拿大農(nóng)業(yè)部健康與營養(yǎng)研究中心,、澳大利亞聯(lián)邦科工組織（CSIRO）等國際知名的農(nóng)業(yè)研究機構建立了長期合作研究關系,。2008年亞熱帶所被第三世界科學院正式接納“TWAS-UNESCO準會員計劃”成員，成為該計劃的100個優(yōu)秀研究中心成員之一,。
建所30年來,，亞熱帶農(nóng)業(yè)生態(tài)所積極投身于國民經(jīng)濟建設主戰(zhàn)場，圍繞亞熱帶區(qū)域農(nóng)業(yè)與生態(tài)環(huán)境協(xié)調(diào)發(fā)展開展了大量的研究,，發(fā)展了區(qū)域農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)格局和農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)物質循環(huán)過程與調(diào)控管理,、農(nóng)區(qū)畜牧生態(tài)與健康養(yǎng)殖等新興研究領域。特別是知識創(chuàng)新工程實施以來,，研究所的發(fā)展步入了快車道,，正朝著區(qū)域特色鮮明且有一定國際影響的亞熱帶農(nóng)業(yè)研究機構行列邁進。
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